La parroquia de Bomboiza, situada en la provincia de Morona Santiago, fue oficialmente establecida mediante el acuerdo ejecutivo Nº 520, inaugurándose el 16 de julio de 1952.
Su fundación se enmarca dentro de un contexto histórico en que la migración de habitantes del Azuay hacia el sur, impulsada por la crisis económica de los años cuarenta, buscó nuevas oportunidades en la minería. Estos primeros colonos, provenientes del cantón Girón y de Cuenca, encontraron en las riberas del río Bomboiza no solo un recurso, sino un nuevo hogar.
Inicialmente, el núcleo parroquial llevaba el nombre de Cuenca, homenajeando a la capital de la provincia de Azuay. Sin embargo, a medida que la población creció y se diversificó la parroquia adoptó el nombre del río que atraviesa el valle, mientras que la escuela central mantuvo el nombre original de Cuenca, simbolizando un lazo con los orígenes de sus fundadores. Aparte de la minería, la fertilidad de la tierra atrajo a más colonos hacia Bomboiza.
En 1945, la llegada de nuevos agricultores consolidó la actividad agrícola en la región, sentando las bases para el desarrollo económico local. En 1952, junto a la creación de la parroquia, se fundó la Escuela Mixta Fiscomisional Cuenca, y se edificó una capilla, marcando el inicio de las instituciones educativas y religiosas que jugarían un papel fundamental en la vida comunitaria.
A partir de 1953, la presencia de las Hermanas Salesianas, con la apertura de la escuela de niñas Madre Mazarello, amplió el acceso a la educación, especialmente para las mujeres, lo que tuvo un impacto significativo en el progreso social de la parroquia. Este crecimiento demográfico se reflejó en el primer censo de 1959, que registró una población de 340 habitantes.
La organización comunitaria continuó su evolución con la creación, en 1963, de la
Asociación de Centros Shuar de Bomboiza, que actualmente representa a alrededor de 4,500 socios de 26 comunidades, gestionando de manera autónoma una reserva territorial de más de 21,448 hectáreas. Este modelo de organización social ha sido ejemplar en la promoción de la identidad cultural y la defensa de los derechos territoriales de los pueblos originarios.
Finalmente, en 1964, se inició la construcción de la Tenencia Política, y en 1966 se llevó a cabo la primera asamblea parroquial, destacando la participación activa de diversos actores comunitarios, como el P. Antonio Guerriero. En esta asamblea se sentaron las bases para la organización del Comité de Padres de Familia y la Junta Parroquial, elementos esenciales para la cohesión y la proyección del desarrollo parroquial.